Вакуоли (франц. vacuole, от лат. vacuus — пустой), небольшие, большей частью шаровидные, полости в животных и растительных клетках или одноклеточных организмах. В клетках ряда многоклеточных беспозвоночных (губки, кишечнополостные, ресничные черви, некоторые моллюски), способных к внутриклеточному пищеварению, и в теле некоторых одноклеточных организмов (простейших) образуются пищеварительные Вакуоли, содержащие пищеварительные ферменты. У высших животных пищеварительные Вакуоли образуются в особых клетках — фагоцитах. В др. клетках Вакуоли содержат соли, ферменты и продукты обмена веществ (жиры и т.д.). У многих одноклеточных организмов имеются также сократительные, или пульсирующие, Вакуоли, периодически выбрасывающие своё содержимое во внешнюю среду (рис. 1). У простейших сократительные Вакуоли — главным образом аппарат, регулирующий осмотическое давление, а также служащий для выведения из организма продуктов распада.
Вакуоли растений наполнены бесцветным или окрашенным клеточным соком. Цитоплазма отделена от Вакуоли липоидно-белковой полупроницаемой мембраной (см. Биологические мембраны). Вещества, растворённые в клеточном соке Вакуоли растений (сахара, полисахариды, алкалоиды, дубильные вещества, пигменты, некоторые соли и др.), вызывают в силу осмоса поступление в клетки питательных веществ и воды и создают механическое напряжение клеток и тканей — тургор. В очень молодых клетках Вакуоли нет или они почти незаметны; по мере роста и старения клетки Вакуоли появляются в разных её участках, а затем, постепенно увеличиваясь, сливаются в одну большую Вакуоли — так называемый вакуом (рис. 2).